對于已經公布全基因組序列的物種，可以在得到全序列后構建本地建庫并進行本地檢索；對于未進行全基因組測序的物種，可以采用近緣物種的數據庫或者EST數據以及轉錄組數據進行檢索。

根iTRAQ以及TMT等標記定量蛋白質組技術分辨率高，細胞樣品最多可鑒定超過6000個蛋白，并且絕大多數蛋白都有定量和定性信息；其次是通量高，可以一次最多完成8個（iTRAQ）或者10個（TMT）樣品的實驗，特別適合于多組樣品間的同時比較以及生物學過程的動態檢測。

由于混合樣本是所有樣品的等量混合，它包括所有樣品的蛋白信息，其性質介于所有樣品之間。可以視其為基準，其他樣品和混合樣之間的相對定量就可以視為某個蛋白樣品的表達量，有利于直接查看蛋白在不同樣品之間表達量的趨勢變化和方便后續分析。

主要的分析包括基于統計的主成分分析、聚類分析、表達模式挖掘等，另外還包括基于生物學意義的GO功能分析，COG功能分析、Pathway代謝通路富集、蛋白互作、轉錄因子預測、代謝物功能回溯、相關模型和網絡構建等深入分析。