研究不同生理和病理條件下細胞內蛋白質的含量和狀態變化是比較蛋白質組學的核心內容。iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）和 TMT（Tandem Mass Tags）分別是由美國 AB Sciex 公司和 Thermo 公司研發的多肽體外標記定量技術，是目前廣泛運用的兩種標記定量蛋白質組技術，分別通過與氨基酸末端氨基以及賴氨酸殘基的游離氨基結合，實現對多肽的標記，經高精度質譜儀串聯分析，可同時比較多達8種樣品之間的蛋白表達量，并通過不同分子量的試劑對不同來源樣品進行標記，實現不同樣品間蛋白質組比較的目標。
蛋白定性通常是基于液質聯用（LC-MS/MS）的鳥槍法蛋白鑒定，是基于自上而下（Bottom Up）的分析手段，樣本類型通常是SDS-PAGE膠或者IP Pulldown 溶液；該方法適合于對蛋白進行全局定性分析，判斷蛋白有無并提高了鑒定低豐度目標蛋白的可能性。
服 務 優 勢
? 高精度與準確性：采用高分辨質譜儀，上機時間120min，更高的覆蓋率；
? 實驗易操作性和靈活性：可根據實驗目的選擇不同的送樣形式，可對不同的蛋白序列采取不同的胰酶酶切方式；
? 快速看差異蛋白：可快速低成本定性分析不同溶液，組織等差異蛋白；
? 目的性強：可結合免疫共沉淀實驗，即AP-MS，找尋靶向結合蛋白；
? 分析多肽成分：除蛋白成分之外，未知的多肽組分，也可通過溶液質譜進行分析。
服 務 流 程
基于質譜檢測得到的Raw文件，進行對應數據庫的搜索，然后基于數據庫搜索的結果進行蛋白質鑒定，同時進行肽段、蛋白和母離子質量容差分布分析，譜檢測數據的質量。然后對鑒定到的蛋白進行常見功能數據庫注釋，包括COG、GO和KEGG數據庫。信息分析流程如下圖：
GO功能注釋
COG功能注釋
KEGG功能注釋
結構域注釋
典 型 案 例
Membrane proteomic insights in o the physiology and taxonomy of a green microalga
期刊：Plant Physiology
影響因子：6.454
發表單位：墨西哥國立自治大學、南十字星大學
發表時間：2017.01
Ettlia oleoabundans 是一種未被測序過的產油綠色微藻，盡管利用這種微藻的?；|加工化合物具有顯著的生物價值，但是我們對于Ettlia oleoabundans的生理學與生物化學缺乏最本的理解，特別是氮缺乏狀況下的脂質積累過程。本研究使用基于RNA-Seq的蛋白質組學方法，配合手工注釋，首次報道了Ettlia oleoabundans的膜蛋白質組。利用此方法，首次鑒定到了幾種新發蛋白，并證明LC-MS技術與電泳技術相結合可用于確定目標蛋白的細胞內定位。
1. Ettlia oleoabundans膜蛋白質組
本文使用基于RNA-Seq的蛋白質組學策略，利用從頭測序產生的轉錄組數據作為指導，組建包含54,652條非冗余預測蛋白質序列的 E.oleoabundans蛋白質數據庫。將 E.oleoabundans蛋白質數據庫與Viridiplantae 蛋白庫進行合并后搜庫，共鑒定到551種蛋白質 (18,902個譜圖)，其中404種蛋白在4個生物學重復 中的至少2個鑒定到。與僅使用Viridiplantae數據庫相比，這個數字增加了13.5倍。
2. 發現幾種新發蛋白,并通過質譜分析,確定了其細胞定位
本研究對 E.oleoabundans中新發現的光合作用蛋白PSBS(圖 1)和MPH1(圖2)進行了鑒定。PSBS和MPH1蛋白之前被認為是高等光合作用生物所特有的。除了與光合作用相關的蛋白外，本研究還檢測到RP2-CLC蛋白，這是一種新型的結構域蛋白，可能參與低等真核生物中網格蛋白包裹的囊泡細胞內運輸 過程。本研究還證實PSBS和MPH1存在于葉綠體，而RP2-CLC 存在于細胞膜(圖3)。
3. 膜蛋白質組功能注釋,重新確定了 E.oleoabundans的系統分類學地位
E.oleoabundans目前被歸屬于綠藻綱,不過本項研究發 現的92%的蛋白質與共球藻綱類物種具有同源性,而僅有 3%的蛋白與綠藻綱類同源。而且對于特異蛋白PSBS、 MPH1、TBCC、RP2-CLC的系統進化分析也顯示, E.oleoabundans與C.variabilis(共球藻綱)的親緣關系 比與綠藻綱更近。
本研究針對產油微藻的膜蛋白質組學進行了詳細的研究。利用基于RNA-Seq的蛋白質組學策略，共鑒定到551種蛋白質，其中404種蛋白在4個生物學重復中的至少2個都鑒定到?，F2種與光合作用相關的新發蛋白PSBS和MPH1。另外還檢測到1種新型的結構域蛋白RP2-CLC，預測其可能參與囊泡的細胞內運輸。對于膜蛋白質組的功能注釋重新確定了E.oleoabun- dans與共球藻綱親緣性更近。
